Mac OS X では、システムは複雑かつ多様なフォルダで構成され、それらのうちほとんどはアクセスできなくなっています （不可視フォルダや保護機能のため）。その上、あらゆるコピーやインストール内容は、 それぞれのファイルの管理者権限や所有権を保持しています。クローン X3 はこれらを保持した状態で ハードディスクのクローンを作成します。

ディスクを復元する際にはさまざまなモードが使用できます。
他のディスクから、フォルダの内容から、CD、DVD、ディスクイメージから、といったモードがあります。

クローン X3 は、ハードディスクや CD および DVD のフルバックアップを簡単に行うことができます。 また、起動システムがインストールされたハードディスクや CD または DVD のディスクの内容を完全にコピーして、起動可能なクローンを作成できる機能を持っています。

コピーを基に、クローン X3 はシステムやディスク全体を復元して、以前のクリーンな状態に戻すことができます。また、選択したファイルやファイルやフォルダを復元することもできます。

クローン X3は好きなアプリケーションを収めた独自の起動DVDを作成することができます。 このようなDVDは通常、テックツールプロ 4.5 のようなディスク修復ユーティリティ、ディスクスタジオ 1.5 のようなパーティション作成ツールなどで使用されます。 これらのDVDは、メインハードディスクに対して操作を実行するため、別のディスクから再起動する必要があるときに役立ちます。

クローン X3 は最小の構成でシステムをディスクにコピーできます。 これによって、少ない容量のパーティションへのインストール、テスト用のディスク作成、 最小のクリーンなシステムからの再起動が可能になります。