サイト設定のページテンプレートタブにあるコード出力で、
整頓または最適化オプションを選択していれば HTML Tidy framework が使用されますので、
作成しているページのコンテンツに最も適当なエンコードが選択されるようになります。
選択されたエンコードがそのページの content タグに記述されます。

サイト設定はメニューバーの「サイト」から「サイト設定の表示」を選択して開きます。





問題が発生するとすれば、
アップロードしたページにご利用のサーバによって別のエンコードが施される場合です。
実際にページで記述されているエンコードを無視して、サーバがページのエンコードを無条件に固定してしまう
（例えば Latin1 など）と、このような問題が起こります。
（日本語でサービスを提供しているホスティング会社であれば、まず心配はありません。）