機能的には全く違いはございません。
どちらとも同じように使って頂く事が可能です。

また、そのほかの違いですと

通常版（優待販売されているのは通常のほうになります）：
旧バージョンを持っていない方や、もう１台のマシンでも使えるように
新たにライセンスが発行される。
旧バージョン製品を使っている方でも情報の引き継ぎが
行われないため、期限や設定が継承されない。
旧バージョンのライセンスの書き換えが行われない為
旧バージョンと新バージョンを両方使う事が出来る。
（ただし、旧バージョンと新バージョンを同じマシンにインストールしますと
同じ働きをするものが同時に動作するため、お互いの
ソフトを阻害し合い、正常に動作しなくなります）

新バージョンへのアップグレード版：
アップグレード作業を行った際に、旧バージョンの情報を新バージョンのものへと
書き換えるため、期限や設定が引き継がれる。
旧バージョンのライセンスも新バージョン用に書き換える為、旧バージョンが使えなくなる。
新たにライセンスを発行しない為、若干価格が抑えられる。

となります。
旧バージョンから期限などを引き継ぎたい場合ですと、アップグレード版をご利用下さい。