MobileMe同期時に iDisk Sync などを利用している場合、
発生することがあるエラーです。

「トランザクション」とは、iDisk上にOmniFocusが作る、「omnifocus.ofocus」の中に入っているファイルです。
iDIskの自動同期によりサーバとローカルという2カ所に同一ファイルが存在することにより、
iDisk同期とOmniFocusデータベースの同期処理が発生するタイミングにより不具合が起きているようです。

このエラーを回避するためには、同期場所の設定をデフォルトの
「Documents」フォルダではなく、「Backup」フォルダにしてお試しください。

変更方法は以下のとおりとなります。

1.　「ファイル」 > 「データベースをバックアップ」と選択し、データベースバックアップを作成
2. 　ローカルのiDiskからOmniFocusファイルを削除
3. Macで同期先を「https://idisk.me.com/USERNAME/Documents/」から「https://idisk.me.com/USERNAME/Backup/」へ変更　（注：大小文字区別）
4. iPhoneで同期先のパスを「Documents」から「Backup」へ変更
5. Macで新たに同期を行い、次にiPhoneでサーバと同期を実行　（注：この操作でiPhone側のデータベースはいったんMac側のデータベースで置き換わることになるので、注意が必要。
（もし、iPhone側のデータベースが最新ということであれば、あらかじめwifiなどの別の同期方法を使用して、
一度Mac側のOmniFocusが最新のものとなるようにしてからお試しください）

また、オムニフォーカスは直接MobileMeサーバ上に更新をかけるので、
ローカルのiDiskにもう一つオムニフォーカスデータベースのコピーを作る必要はありません。